Package org.simBio.core

The basal Classes of the simBio
simBioの基盤クラス群。
他のクラスは全て、ここにあるクラスを参照もしくは継承もしくは利用しています。

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Description

Interface Summary

CalculationObserver	Conductor が計算を開始・終了した時に、監視オブジェクトに通知を行います。
IResetBeforeCalc	Mark for Reactor to reset before calculation 計算開始時にクリアする必要のあるリアクターにつけるマーク。
Node	variables that are used in the equations, and which can make link, 方程式セットに含まれる変数。リンクを作成できる、
Variable
Visitor	Visitor pattern.

Class Summary

Analyzer	Please inherit this Class to manipulate every Node.
Component	super class of the core package, similar to public String, Component of the Composite Pattern.
Composite	Composite Pattern.
Conductor	root instance to conduct integration.
Initializer	Keep values to initialize Component.
Link	making Link
Parameter	labeled public double, Component of the Composite Pattern.
Reactor	set of equations.
ReactorList	List of the Reactors
VariableList	include euler engine & dt adjuster

Package org.simBio.core Description

The basal Classes of the simBio
simBioの基盤クラス群。
他のクラスは全て、ここにあるクラスを参照もしくは継承もしくは利用しています。

Corresponding Author

Nobuaki Sarai, MD, PhD
e-mail: sarai@card.med.kyoto-u.ac.jp
http://www.card.med.kyoto-u.ac.jp
Department of Physiology and Biophysics,
Kyoto University Graduate School of Medicine
Yoshidakonoe-cho, Sakyo-ku, Kyoto, 606-8501, Japan
phone: +81-75-753-4357
fax: +81-75-753-4349

Figures

xmlを解読して作成されるinstance treeおよびlinkは /docs/images/NL.xml.wmf を参照してください。これはbio/xml/NL.xmlのinstance図です。

java codeの作成に最低限必要なinterface図は /docs/images/interfacesNG.png を参照してください。

core packageのクラス図は /docs/images/class_diagram_core.jpg を参照してください。

simBioのsimから見た構成は /docs/images/class_diagram_system.jpg を参照してください。